Metroid 25 anos
A volta
Nenhum Metroid foi desenvolvido para o Nintendo 64 (exceto pela participação da protagonista Samus em Super Smash Bros.), e alguns perderam fé na continuação da série. Mas a Nintendo anunciou em 2000 que Retro Studios criaria um novo 'Metroid para o GameCube, e em 2001, que a própria Nintendo faria um Metroid 4 para o Game Boy Advance. Os dois jogos foram lançados em 2002, o da Retro Studios chamado Metroid Prime e Metroid 4 renomeado Metroid Fusion. Fusion continuou a história a partir de Super Metroid, enquanto Prime se passa entre o primeiro e o segundo jogo. Os jogos também tinham conectividade: quem vencesse Prime podia jogar com a Fusion Suit de Fusion em Prime; e bater Fusion liberava o Metroid original como extra.
No lançamento, fãs e jornalistas viram que Metroid Prime mudou o jogo para uma visão em primeira pessoa, porém teve muito sucesso e é aceito pelos fãs. Metroid Fusion continua com a jogabilidade da série clássica, porém ele é um pouco linear, o que faz com que certos fãs não gostem do jogo.
Seguindo Prime e Fusion, novos Metroid surgem com frequência.
O segundo Metroid para o Game Boy Advance, Metroid: Zero Mission, foi lançado em 2004. É um remake do original, com novas áreas e elementos(tanto de jogos anteriores como novos). A história acrescenta mais para a biografia de Samus.
Prime
Metroid Prime foi controverso antes de ser lançado, pois trocava a plataforma dos outros jogos em um tiro em primeira pessoa. A Nintendo antes tinha transposto com sucesso suas franquias pro 3D com Super Mario 64 e The Legend of Zelda: Ocarina of Time, mas o medo era reforçado por Prime ser criado por uma empresa contratada. Alguns achavam que seria um jogo estilo Halo. Nintendo rebateu se referindo a Metroid Prime como um "first-person adventure".
A aventura se passa em Tallon IV onde Samus se depara com piratas espacias e mais uma vez com os temidos Metroids.
Metroid Prime: Hunters, de 2004, se passa entre o primeiro e segundo capitulo da saga Prime. A caçadora de recompensas é enviada para um grupo de planetas chamado Alimbic Clusters, lar de uma civilização poderosa que se julga extinta, e sua missão é assegurar que objetos conhecidos como Octoliths não caiam em mãos erradas.
Metroid Prime 2: Echoes, também de 2004, assim como Metroid Prime foi feito pela Retro Studios. Tem o mesmo estilo de Prime, mas com algo novo: o conceito de dois mundos, similar a The Legend of Zelda: A Link to the Past, mas em termos de dimensões diferentes.Aqui Samus vai ao planeta Aether,mas logo é atacada pelas criaturas Ing,que lhe roubam partes de sua Power Suit.Ao recobrar a conciência,a caçadora encontra os pacificos Luminoth que fazem a Dark Suit,uma armadura capaz de entrar em Dark Aether.Samus deve derrotar os Ing,que contam com o apoio de Dark Samus,antes que um eclipse transforme o planeta Aether para sempre.
Metroid Prime 3: Corruption,de 2008, se passa 6 meses depois dos acontecimentos em Echoes. Dark Samus está de volta e no comando dos piratas espacias,espalhando phazon pelo o universo. Samus parte na missão de derrotá-la de uma vez por todas,porém a energia phazon está se apoderando dos planetas e da própria Samus. Com o final de Corruption ficando em aberto um pedaço entre a saga Prime em direção à aventura Metroid II: Return of Samus colocando Samus e Sylux frente a frente.
Cancelados ou rumores
Metroid Dread, outro jogo em 2D para Nintendo DS, se passando após Fusion. Nunca oficialmente anunciado, há rumores de cancelamento. Uma mensagem em "Metroid Prime 3: Corrupition" alerta que o projeto "Dread" está nas etapas finais. A Nintendo diz que jogos das franquias Mario, Zelda e Metroid levam até 3 anos para serem produzidas.
Metroid 1.5, Samus é abdusida por uma misteriosa raça alienígena interdimensional disposta a conquistar a galáxia. Os aliens abdusem caçadores de recompensa e copiam suas melhores e mais mortíferas habilidade para a IA da nave e para os soldados aliens. Para prevení-los de conquistar a galáxia, Samus tem de cooperar com os caçadores de recompensa para desativar a nave, destruir a IA e erradicar os aliens.
